銀行口座の複数管理で印鑑は分ける？

当然 別々にするべきです。

 ただ あまり 多すぎても管理できないので そのあたりは 注意必要になってきます。
 ですが 別々に保管しても 自宅に入られて ぬすまれてはしかたないことなので 

自宅の防犯に注意しましょう。

 あと いくら口座を分けても 騙されて自分で振り込むという詐欺もあるのですから 防犯意識をたかめるとともに 詐欺にだまされない ということも心がけることが 大事です

もともと　通帳の印影がなくなることがおおくなってきたので

心配はなくなってきましたが、わけるほうが無難といったところでしょう。